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苹果短信可能会莫名自动删除，可能有以下几种原因。
1、自动删除模式：苹果手机的短信可能会设置为自动删除模式，即当短信数量达到一定数量时会自动删除旧的短信，可以在短信设置中进行调整或关闭此功能。
2、未完全同步备份：如果在iCloud或iTunes中进行了备份，但在同步过程中出现问题，可能会导致短信缺失，可以尝试重新同步备份以恢复短信。
3、误操作删除：可能不小心删除了某些短信，例如长按短信进行删除操作或者批量删除短信时未仔细确认。
4、存储空间不足：当手机的存储空间不足时，系统会自动清理一些占用空间较大的文件，包括短信，可以检查手机的存储空间并进行清理。
5、病毒或恶意软件：手机可能受到病毒或恶意软件的影响，这些程序可能会自动删除文件或数据，建议下载安全软件进行扫描和清理。
如果仍然无法确定原因，建议联系苹果官方客服以获得更多帮助，为了避免重要短信丢失，建议定期备份手机数据并谨慎操作手机设置。